《特赦1959》作為一個主旋律獻禮劇，總體來說還算是不錯的，但也有一些問題，最明顯的就是很多網友已經指出過的，整個劇的跨度達十年以上，但劇中的人物始終穿著棉衣，一直在冬天，這是很不合理的。還有一些本該有的情節和人物沒有，卻硬生生的強加了許多虛構的情節和人物，讓這個劇打了折扣。
而其中最為明顯的讓人感覺多余而且很煩人的角色，當然就是記者徐高平(孫仲秋 飾)和護士梁冬芳(奚望 飾)，這兩個虛構的人物的戲有點太多了。本來這個劇中的很多老演員的表演已經很精彩了，但是這兩個人一出現，瞬間就讓人感覺跳戲跳到現在流行的那種偶像劇去了，尤其梁冬芳還是一副傻白甜的樣子，很沒有必要。如果能像《亮劍》和《士兵突擊》一樣，就拍成一部男人戲，其實劇情會更緊湊，也會讓觀眾感覺更嚴肅。
還有一些人物的虛構，比如蔡守元(馬侖 飾)這個人物，表面上是綜合了很多人的經歷，尤其是張淦和范漢杰的一部分經歷，但這個改編其實意義不是很大，還不如直接讓范漢杰和張淦真名實姓的出現在劇中，反而效果會更好。因為范漢杰沒有出現，廖耀湘(嵇建 飾)的臺詞太少，戲也很少，導致整個劇中遼沈戰役中被俘的國軍高級將領中，戲最多的反而成了廖耀湘指揮的四十九軍軍長中將鄭庭笈(侯伊建 飾)。
還有劉安國(米學東 飾)這個角色，其實所有人一眼都能看出來，這個虛構的人物的原型就是文強。在以前的老電影《決戰之后》中，文強是真名實姓的出現的，但是到了這個劇里，卻被改編成了劉安國。不過，劉安國這個人物形象總體而言還是比較飽滿的，也比較出彩，這和演員本身的拿捏、把握和表演比較到位是分不開的，劉安國也是這個劇中的幾個主要角色之一。但反過來說，如果把劉安國的名字換成文強，其實也一樣可以這么處理，也不會讓人跳戲。
因為主要角色都是被俘的國軍高級將領，其中一些人還有上下級關系，比如鄭庭笈是廖耀湘的下屬，文強在淮海戰役中被俘的時候是杜聿明(肖榮生 飾)的下屬，融合了楊伯濤(耿懿 飾)的經歷的陳瑞章是黃維(徐成峰 飾)的下屬等等，那么這些人在一起，討論過往的戰役中各自的表現，這肯定是少不了的，也是應該濃墨重彩的表現的。但這個劇中反映得卻有點少了，比較集中的反而是虛構的人物蔡守元和在魯南戰役中被俘的馬勵武(齊慶林 飾)爭論，但這個劇情和史實完全對不上。
還有黃維和杜聿明、王耀武(趙恒煊 飾)等幾個主要角色，黃維和杜聿明是不同的派系，黃維是陳誠土木系，而杜聿明是何應欽系的人，這也是杜聿明在淮海戰役中對救援黃維不太積極的原因，但在劇中兩個人卻相安無事，并沒有討論淮海戰役的得失。作為整個劇中兩個比較主要的角色，又都親歷了決定國共雙方命運的淮海戰役，兩個人對此卻閉口不提，相互之間既沒有討論，也沒有埋怨和指責，這也是不太符合邏輯的。
還有劇中被當成主要反面典型人物處理的幾個特務，包括康澤(左百學 飾)、劉安國、沈醉(姚擴 飾)、徐遠舉(牛志強 飾)、周養浩(宋楚炎 飾)、曾擴情，其實處理得也都還不錯，只不過，這個處理可能稍微有點過頭了。因為，相比其他在戰爭中被俘的國軍高級將領而言，這些特務對黨國的忠誠度似乎太高了一點，很可能會讓一些觀眾想起普京的故事。不過，這幾個特務的形象總體而言還是控制住了，比較猥瑣，不像《潛伏》里的李涯那樣忠誠，以至于感動了觀眾。